ภาวะประจำเดือนมาไม่สม่ำเสมอ เช่น สองสามเดือนมาครั้ง และมากระปริบกะปรอย จะเกิดกับคนที่รอบเดือนไม่มีการตกไข่และคนอ้วนเป็นส่วนใหญ่ ส่วนภาวะขาดประจำเดือนที่พบได้ในผู้หญิงทุกวัยเกิดจากความไม่สมดุลของระดับของฮอร์โมนเพศ ทำให้ไม่มีประจำเดือน ซึ่งมีสาเหตุส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับปัญหาสุขภาพ
1. อ้วนหรือน้ำหนักเกิน เนื่องจากไขมันในร่างกายมีส่วนในการสร้างฮอร์โมนเพศหญิงอย่างเอสโทรเจน เมื่อมีปริมาณไขมันมากเกินย่อมทำให้ร่างกายผลิตฮอร์โมนเอสโทรเจนมากตามไปด้วย มีผลรบกวนต่อกลไกการทำงานของระบบประจำเดือน
2. ความเครียด ทำให้ต่อมใต้สมองซึ่งเป็นอวัยวะสำคัญที่ช่วยควบคุมระบบสืบพันธุ์ทำงานผิดปกติ จึงทำให้เกิดภาวะขาดประจำเดือนได้
3. ความผิดปกติทางโครงสร้างของมดลูก เช่น ผนังมดลูกตีบ อาจเกิดจากการทำแท้ง ขูดมดลูก หรือการอักเสบติดเชื้อ
4. โรคขาดอาหาร เช่น อะนอเร็กเซียหรือบูลิเมีย ทำให้ร่างกายสร้างกลไกป้องกันตัวเอง โดยหยุดผลิตฮอร์โมนเอสโทรเจนและระงับการตกไข่
5. โรคถุงน้ำในรังไข่ (Cyst) ซึ่งกระตุ้นให้ร่างกายสร้างฮอร์โมนเพศชายออกมามากเกินไปจนทำให้ไม่มีการตกไข่หรือไม่มีประจำเดือน
6. โรคเรื้อรังต่างๆ เช่น โรคทาลัสซีเมียชนิดรุนแรง โรคตับเรื้อรัง โรคไตวายเรื้อรัง เป็นต้น
7. การออกกำลังกายหนักเกินไป ทำให้สารเคมีบางชนิดในสมองขาดสมดุล จึงมีผลกระทบต่อการทำงานของระบบสืบพันธุ์
8. การให้นมบุตร จะเพิ่มระดับฮอร์โมนโพรแลกติน (Prolactin) ซึ่งมีหน้ามี่กระตุ้นต่อมน้ำนมให้สร้างน้ำนมเพื่อเลี้ยงลูก และกดการทำงานของรังไข่ ทำให้ไม่มีประจำเดือน
9. การควบคุมกำเนิดด้วยยาคุมบางชนิด ซึ่งทำให้ประจำเดือนไม่มา เมื่อหยุดยาคุมกำเนิดไปประมาณ 3-6 เดือน ประจำเดือนก็จะมาตามปกติ
